Общината се намира в източната част на Софийска област. С площта си от 207,876 km2 е 13-а по големина сред 22-те общини на областта, което съставлява 2,94% от територията на областта. Границите ѝ са следните:

на запад – община Елин Пелин и община Горна Малина;
на север – община Етрополе;
на изток – община Челопеч и община Чавдар;
на югоизток – община Златица;
на юг – община Панагюрище, Област Пазарджик;
на югозапад – община Ихтиман.
Природни ресурси
Релеф
Релефът на общината е хълмист, ниско и средно планински, като територията ѝ попада в пределите на Стара планина, Задбалканските котловини и Средна гора.

Северната четвъртина на община Мирково се заема от южните склонове на Етрополска планина (съставна планина на Западна Стара планина). В нея, на границата с община Етрополе се издига най-високата точка на община Мирково – връх Мара Гидия 1789,8 m. Южно от Етрополска планина се простират западните, хълмисти части на Златишко-Пирдопската котловина, където южно от село Бенковски, на границата с община Златица (землището на село Петрич), в коритото на Буновска река се намира най-ниската ѝ точка – 516 m н.в.

Западно от Златишко-Пирдопската котловина, на границата с община Горна Малина, в посока север-юг е разположен високият планински праг Гълъбец свързващ Етрополска планина на север с Ихтиманска Средна гора на юг, по билото на който преминава Главния вододел на България.

В южната и югозападната половина на община Мирково се простират североизточните разклонения на планинския рид Белица (част от Ихтиманска Средна гора). Най-високата му точка връх Голямата Икуна 1220,9 m се издига в най-южната част на общината, на границата с общините Елин Пелин и Ихтиман.

Води
По западната (с община Горна Малина) и по северната (с община Етрополе) граница на община Мирково преминава участък от Главния вододел на България, като територията ѝ изцяло принадлежи към Беломорския водосборен басейн.

Най-голямата река в община Мирково е Буновска река (24 km, десен приток на река Тополница). Тя извира на 1375 m н.в. в местността „Кръговрат“ в Етрополска планина на 1 км югоизточно от връх Звездец (1655 m, най-северозападната точка на водосборния басейн на река Марица). До село Буново тече на юг в дълбока и залесена долина. След това навлиза в западната покрайнина на Златишко-Пирдопската котловина, като запазва южната си посока с лек уклон на югоизток, напуска пределите на общината и след около 4 km се влива отдясно в река Тополница на 480 m н.в., на 1 km северно от село Петрич, община Златица. Нейни основни притоци са реките: Букитска река (ляв), Мирковска река (ляв) и Смолска река (десен). Първите две изцяло протичат през територията на община Мирково, а третата с горното и средното си течение.

Южната част на общината (землището на село Каменица) се отводнява от Каменишка река (десен приток на Тополница), която протича с горното и част от средното си течение през територията на община Мирково.