Общината се намира в най-северозападната част на област Благоевград и с площта си от 620,118 km2 заема 3-то сред 14-те общини на областта и 9,61% от територията на областта. Границите ѝ са следните:

на северозапад и север с област Кюстендил – съответно община Невестино (на северозапад), община Бобошево и община Рила (на север);
на изток, югоизток и юг – съответно община Белица, община Разлог и община Симитли;
на запад – със Северна Македония.
Релеф, води, защитени местности
Релефът на общината е предимно планински. Цялата ѝ източна част се заема от югозападния дял на Рила планина, като тук се намира и най-високата точка на общината – Голям Мечи връх (2618 m). Цялата западна половина на община Благоевград се заема от източните и североизточни разклонения на планината Влахина с най-висока точка граничния връх Туторовича (1429 m). Между тях е разположена Благоевградската котловина и тук в нейната най-южна част е и най-ниската точка на общината – 312 m н.в.

През средата на общината, от север на юг, от Кочериновския пролом през Благоевградската котловина до Орановския пролом преминава около 15 km от течението на река Струма със своите притоци: Лисийска река (д), Телкиовски дол (л), Дреновска река (д), Благоевградска Бистрица (л), Логодашка река (д) и средното течение на Стара река (д).

Източно от село Логодаш (в басейна на Логодашка река) е изграден язовир „Стойковци“, а южно от Благоевград (по поречието на Струма) – малкия язовир „Бистрака“.

Най-източните части на общината, в Югозападна Рила попадат в Националния парк Рила, където се намира и резервата „Парангалица“.