Общината е разположена в югоизточната част на област Силистра. С площта си от 248,566 km2 е най-малката сред 7-те общините на областта, което съставлява 7,83% от територията на областта. Границите ѝ са следните:

на югозапад – община Дулово;
на север – община Силистра;
на североизток – община Кайнарджа;
на югоизток – община Тервел, област Добрич.
Природни ресурси
Релеф
Община Алфатар се намира в северната част Източната Дунавска равнина. Цялата ѝ територията попада условно в западната част на Добруджанското плато и крайните североизточни части на Лудогорското плато, като границата между двете не е точно определена. Релефът се характеризира като нискохълмист, леко наклонен на север с надморска височина между 160 и 220 m, набразден от дълбоки (на места над 100 m) спрямо околния терен суходолия. Максималната височина на общината се намира в югозападната ѝ част, югозападно от село Цар Асен – 231,2 m н.в., а най-ниската – 49 m н.в., в суходолието на Хърсовска река (десен „приток“ на Канагьол), североизточно от село Васил Левски.

Води
На територията на общината липсват повърхностно течащи води. При силни дъждове и при топене на снеговете по суходолията протичат водни течения, които по-късно и през лятото пресъхват. При големи дъждове водите прииждат с голяма сила и унищожават всичко по леглата си. През източната част на общината преминават две дълбоки суходолия. Първото от тях (западното) е на река Канагьол (десен „приток“ на Дунав). То навлиза в пределите на общината югоизточно от село Чуковец, на 132 m н.в. С множество меандри суходолието пресича цялата община от юг на север и североизточно от град Алфатар напуска територията на общината, на 57 m н.в. Второто суходолие (източното) е суходолието на Хърсовска река (десен „приток“ на Канагьол), което „протича“ по границата с община Кайнарджа, минава източно от селата Бистра и Кутловица и в него се намира най-ниската ѝ точка.